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美格基因 | 更大的数据库,更多物种类群筛选——壹健环境DNA生物多样性产品大升级!


发布时间:

2024-03-25

环境DNA(environmental DNA,eDNA)宏条码技术是从水体、空气、土壤、粪便等环境样本中提取生物的遗传信息,通过运用适当的引物对不同物种共有区域的物种特异性序列进行扩增,再经过高通量测序,得到DNA序列后进行物种鉴定,获取环境中的物种组成信息。eDNA宏条码技术具有对环境影响小、高效率可重复、鉴定灵敏度高等优势,可以应用于生物多样性监测、物种溯源、食性分析等方面。

环境DNA(environmental DNA,eDNA)宏条码技术是从水体、空气、土壤、粪便等环境样本中提取生物的遗传信息,通过运用适当的引物对不同物种共有区域的物种特异性序列进行扩增,再经过高通量测序,得到DNA序列后进行物种鉴定,获取环境中的物种组成信息。eDNA宏条码技术具有对环境影响小、高效率可重复、鉴定灵敏度高等优势,可以应用于生物多样性监测、物种溯源、食性分析等方面

 

壹健数据库全面升级

壹健生物整合了BOLD,MitoFish,NCBI,Silva等多个公共数据库的物种条形码序列及相应的物种分类信息,自建了10种宏条码数据库,涉及到7个宏条码片段,包括线粒体12S,16S,COI基因,叶绿体rbcL基因,trnL-F基因间区,以及核糖体RNA的18S和ITS间区。这些片段的宏条码能够覆盖几乎全部的真核生物类群,您可以根据不同数据库侧重的物种类群及分辨率选择合适的扩增片段。

壹健eDNA宏条码数据库

本次数据更新有以下4个方面:

01 宏条码数据库更新

根据7个片段选区的宏条码在公共数据库的收录情况,自建数据库的宏条码更新至2023年12月。随着近年来eDNA技术研究的热度不断提高,越来越多的物种识别片段测序后收录在公共数据库,本次更新将大幅度提高物种宏条码的丰富度。同时,壹健生物还将自测或通过数据挖掘的获得的部分国内物种条形码序列加入到本次更新中,也是对宏条码数据库的一个重要补充。

02 鱼类12S宏条码分库

在原有的12S宏条码数据库基础上,根据鱼类物种栖息环境,分为海洋鱼类,淡水鱼类,以及两者兼有的洄游性鱼类,构建12S淡水鱼宏条码子库和12S海水鱼宏条码子库,洄游性鱼类兼属于两种子库。通过选择鱼类宏条码子库比对,可以避免非研究类群的干扰,使物种注释更加明确。

03 新增鱼类线粒体数据库

通过获取鱼类线粒体数据库MitoFish(https://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/)收录的鱼类物种完整和部分线粒体序列,经过数据整理和物种注释,整合至数据库中,能够兼容线粒体多个片段的扩增子序列比对,包括12S,16S,COI,CytB和D-loop等片段。与其它数据库相比,鱼类线粒体数据库收录的基本是完整的线粒体基因片段或完整线粒体基因组序列,结果更为准确。

04 数据库宏条码信息的优化

将物种分类信息不明确、注释层级不完整的、序列长度过短的宏条码序列从数据库中清除,保留高质量宏条码序列,使物种注释信息更为优化。

 

十大目标物种类群筛选器

筛选测序数据获得的物种信息是使用eDNA宏条码技术的科研工作者的一项艰巨的工作。由于生物的多样性和宏条码片段的通用性,测序结果中存在大量的非目标物种,需要科研工作者具备丰富的生物学分类、生物信息学及生态学等知识背景,对结果进行过滤筛选。而传统的物种类群往往是根据形态,栖息,功能等类型来划分的,与分类学的物种信息并不存在唯一对应关系。

壹健生物基于大量的文献数据,开发了十大物种类群筛选器,将传统的物种类群与物种分类学注释信息建立关联。包括:鱼类(Fishes)、浮游动物(Zooplankton)、底栖动物(Zoobenthos)、无脊椎动物(Invertebrate)、陆生脊椎动物(TerrestrialChordata)、鲸豚类(Wholphin)、原生动物(Protozoa)、藻类(Algae)、浮游植物(Phytoplankton)和有胚植物(Embryophyta)。

您可以根据筛选器划定的物种类群任意挑选和组合目标物种,甚至可以与具体的物种分类群进行组合,构建需求进行统计分析,无需从物种注释表中自行挑选。

壹健生物致力于提供最前沿的生物多样性研究技术和解决方案,帮助您揭开生态系统的神秘面纱。我们期待与广大的科研工作者合作,共同推进生物多样性保护和生态系统研究。

环境DNA多样性感兴趣的客户,可以联系您附近专属的美格基因或壹健生客户经理。

 

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参考文献:

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